南京水利科学研究院(Nanjing Hydraulic Research Institute)简称南京水科院，是中国综合性水利科学研究机构、国家级社会公益类非营利性科研机构。主要从事基础理论、应用基础研究和高新技术开发，承担水利、交通、能源等领域中具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务。同时受水利部、交通运输部、国家能源局领导。

南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是中国最早成立的综合性水利科学研究机构;2001年被确定为国家级社会公益类非营利性科研机构;2009年，更名为“南京水利科学研究院”。

根据2017年1月南京水科院官网显示，南京水利科学研究院有科研人员1300余人，具有高级以上职称670多人。设有水文水资源研究所、水工水力学研究所、海洋资源利用研究中心等研究机构和南京瑞迪建设科技有限公司等研发机构。建有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和国家级国际联合研究中心，以及水利、交通、能源行业9个部级重点实验室、技术研发中心、工程技术研究中心。

1978年全国科技大会至2015年底，南京水科院获得国家和省部级科技进步奖595项，其中国家级奖励77项。出版专著420多部，获国家发明和实用新型专利435项。