山西医科大学前身是山西医学传习所，创建于1919年8月。1921年8月，改为山西医学专门学校。1928年8月，更名为山西医学专科学校。1932年1月，组建为私立山西川至医学专科学校。1940年3月并入山西大学，称作山西大学医学专修科。1946年8月，升格为国立山西大学医学院。1953年9月，独立建校，更名为山西医学院。

1996年9月，更名为山西医科大学。学校是全国第三批、山西省首批博士学位授权单位，全国首批硕士学位授权单位，全国首批学士学位授权单位，教育部首批“卓越医生教育培养计划”试点单位，全国开办七年制临床医学专业的25所医学院校之一，全国首批恢复儿科学本科专业的8所医学院校之一，国家中西部高校基础能力建设工程支持高校。