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南京大学博士研究生按报考来源分为直接攻博、硕博连读及普通招考。2025级博士研究生学费标准如下：
| 1 | 全日制学术学位博士研究生 | 10000（元/生·年） |
| 2 | 全日制学术学位博士研究生（南赫学院） | 10000（元/生·年） |
| 3 | 全日制专业学位博士研究生： 临床医学(105100)、口腔医学(105200)、电子信息(085400)、资源与环境(085700)、戏剧与影视（135400）、生物与医药（086000）、材料与化工（085600） | 12000（元/生·年） |
| 4 | 非全日制专业学位博士研究生： 教育(045100) | 25000（元/生·年） |
| 5 | 非全日制专业学位博士研究生： 出版(055300)、材料与化工（085600） | 有关信息将根据省发改委审批结果另行公告，请查询南京大学研究生招生网信息。 |
| 6 | 非全日制专业学位博士研究生： 电子信息(085400)、资源与环境(085700) | 30000（元/生·年） |
| 7 | 非全日制专业学位博士研究生： 生物与医药（086000) | 40000（元/生·年） |
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