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中国农业科学院是国家设立的中央级农业科研机构，是全国综合性农业科学研究的最高学术机构，是农业及农业科学技术战略咨询机构，是三农领域国家战略科技力量，担负着全国农业重大基础与应用基础研究、应用研究和高新技术研究的任务，致力于解决我国农业及农村经济发展中公益性、基础性、全局性、战略性、前瞻性的重大科学与技术问题。
以研究所为实施主体，以团队为实施单元，构建了优势特色学科、交叉学科、新兴学科并进，理论创新与应用基础研究、关键技术研究与成果培育、技术成果转化与示范推广衔接的链式创新布局。面向世界农业科技前沿、国家重大需求和现代农业建设主战场，确立了以基础前沿、作物、园艺、植保、资源与环境、畜牧、兽医、农业微生物、农产品质量与加工、农业装备工程与信息、农业经济与农村发展11大学科集群，58个学科领域，283个研究方向为基本构架的三级学科体系。
中国农业科学院博士点
| 农学 | ||
| 农产品加工利用[0901Z4] | 农药学[090403] | 兽药学[0906Z2] |
| 果树学[090201] | 入侵生物学[0904Z2] | 草地资源利用与保护[0909Z1] |
| 蔬菜学[090202] | 转基因生物安全学[0904Z3] | 饲草遗传育种与种子科[0909Z2] |
| 茶学[090203] | 生物防治学[0904Z4] | 饲草生产加工及利用[0909Z3] |
| 土壤学[090301] | 动物遗传育种与繁殖[090501] | 作物栽培学与耕作学[090101] |
| 植物营养学[090302] | 动物营养与饲料科学[090502] | 作物遗传育种[090102] |
| 农业水资源与水环境[0903Z1] | 特种经济动物饲养[090504] | 作物种质资源学[0901Z1] |
| 农业遥感[0903Z2] | 基础兽医学[090601] | 农产品质量与食物安全[0901Z2] |
| 植物病理学[090401] | 预防兽医学[090602] | 药用植物资源学[0901Z3] |
| 农业昆虫与害虫防治[090402] | 临床兽医学[090603] | |
| 工学 | ||
| 农业水土工程[082802] | ||
| 理学 | ||
| 微生物学[071005] | 农业生态学[0713Z1] | 农业区域发展与规划[0713Z4] |
| 生物化学与分子生物学[071010] | 设施农业与生态工程[0713Z2] | |
| 生物物理学[071011] | 农业气象与气候变化[0713Z3] | |
| 管理学 | ||
| 农业经济管理[120301] | 农产品贸易[1203Z2] | 产业经济[1203Z5] |
| 信息技术与数字农业[1203J1] | 农业技术经济[1203Z3] | 农业信息分析学[1203Z6] |
| 农业资源与环境经济学[1203Z1] | 农业信息管理[1203Z4] | |
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