中国医学科学院成立于1956年，北京协和医学院成立于1917年，中国医学科学院北京协和医学院自1957年起实行院校合一的管理体制，是我国最高医学研究机构和最高医学教育机构。院校始终牢记初心使命，以引领我国医学科技教育发展和维护人民健康为己任，教育人才辈出，科研硕果累累，医疗领衔行业，为我国现代科学医学体系的建立和发展做出了重要贡献。
院校已发展成为拥有19个研究所、6家附属医院、9个学院、106个院外研发机构，集医教研产为一体的国家级综合性医学科学研究机构。拥有国家“双一流”建设学科5个，一级学科博士学位授权点9个，在教育部第四轮学科评估中有6个A类学科；拥有国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地15个、省部级实验室59个等。院校直属北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院等6所医院，集医院、研究所和教学机构于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。
北京协和医学院博士点
| 医学 | ||
| 人体解剖与组织胚胎学[100101] | 妇产科学[100211] | 内科学[105101] |
| 免疫学[100102] | 眼科学[100212] | 儿科学[105102] |
| 病原生物学[100103] | 肿瘤学[100214] | 皮肤病与性病学[105106] |
| 病理学与病理生理学[100104] | 麻醉学[100217] | 影像医学与核医学[105107] |
| 放射医学[100106] | 变态反应学[1002Z2] | 外科学[105109] |
| 比较医学[1001Z1] | 流行病与卫生统计学[100401] | 妇产科学[105110] |
| 内科学[100201] | 药物化学[100701] | 眼科学[105111] |
| 儿科学[100202] | 药剂学[100702] | 耳鼻咽喉科学[105112] |
| 神经病学[100204] | 生药学[100703] | 肿瘤学[105113] |
| 皮肤病与性病学[100206] | 药物分析学[100704] | 麻醉学[105116] |
| 影像医学与核医学[100207] | 微生物与生化药学[100705] | 急诊医学[105117] |
| 临床检验诊断学[100208] | 药理学[100706] | 中西医结合临床[105126] |
| 外科学[100210] | 护理学[101100] | |
| 工学 | ||
| 生物医学工程[083100] | ||
| 理学 | ||
| 生理学[071003] | 遗传学[071007] | 生物化学与分子生物学[071010] |
| 微生物学[071005] | 细胞生物学[071009] | 生物物理学[071011] |
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